Nützliche Bakterien sind Mikroorganismen, die, wenn sie in die Wurzelzone oder das Wachstumsmedium eingebracht werden, die Pflanzengesundheit, die Nährstoffverfügbarkeit und die Krankheitsresistenz aktiv verbessern. Zu den am besten untersuchten Gattungen in der Hydroponik gehören Bacillus subtilis (unterdrückt Pythium und andere Wurzelpathogene), Trichoderma (ein nützlicher Pilz, der Wurzeln besiedelt und schädliche Pilze verdrängt) und Mykorrhizapilze (bilden symbiotische Netzwerke, die die nährstoffabsorbierende Oberfläche der Wurzel dramatisch vergrößern).